科研潜艇“逗号”，是科幻小说《地心游记》的铁杆粉丝。为研究海底神秘物质,跟着叔叔地质学家“铁石号”深潜马里亚纳海沟，意外被卷入洞穴迷宫来到巨大未知世界并发现远古生物，开启了超乎想象的海底地心探险。

在海豹镇长和企鹅教授的宣传带领下，海底社会认同了“外星人有害论”的观点。小潜艇阿力偶然遇到来地球游玩却和父母走散的小外星人Wugu，通过了解，阿力发现外星人不但不危险，还很友好。为了帮助Wugu找到父